Awal pendirian Progam Studi Akuntansi dengan Ketua Jurusan Drs. Agustinus Salle M.Ec. berdasarkan SK Nomor: 13/DIKTI/Kep/2001 tahun 2001 mempunyai Visi menjadi lembaga terkemuka dalam pendidikan akademik Bidang Studi Akuntansi di Papua. Adapun Misi dari Program Studi Akuntansi pada masa awal berdiri sebai berikut:

  1. Meningkatkan jumlah dan kualitas sumber belajar dalam bidang akuntansi
  2. Meningkatkan jumlah dan kualitas prasarana dan sarana belajar
  3. Meningkatkan jumlah dan kualitas bahan ajar
  4. Meningkatkan kualitas perencanaan, pelaksanaan dan evaluasi hasil kegiatan pendidikan
  5. Meningkatkan kualitas calon mahasiswa

Dan tujuan program studi pada periode 2000-2005 adalah:

  1. Meningkatkan kualitas rekrutmen calon dosen
  2. Meningkatkan jumlah rekrutmen calon dosen
  3. Meningkatkan pengangkatan asisten menjadi dosen tetap (PNS)
  4. Meningkatkan kualitas dosen
  5. Meningkatkan jumlah dan kualitas fasilitas laboratorium akuntansi
  6. Meningkatkan kualitas fasilitas belajar dalam kelas
  7. Mahasiswa dapat mengikuti kuliah secara baik

Selanjutnya pada periode kedua (periode 2005-2010) ketua Jurusan masih dijabat oleh Drs. Agustinus Salle M.Ec Visi dan Misi Program Studi Akuntansi pada tahun 2007 tidak mengalami perubahan yang signifikan. Meskipun demikian, Program Studi Akuntansi melakukan inovasi dalam proses implementasi program dan kegiatan. Salah satu program Akuntansi sebagai upaya peningkatan mutu lulusan adalah optimalisasi Laboratorium Akuntansi di luar jumlah SKS Nasional dan perubahan kurikulum yang telah disesuaikan dengan kurikulum Nasional, yang sebelumnya lulus dengan 152 sks menjadi 145 sks.

Perubahan ini memberikan dampak dalam penilaian Akreditasi yang semula C menjadi akreditasi B dengan SK: 005/BAN-PT/Ak-XIII/S1/VI/2010.

Pada periode selanjutnya (2010-2015) dengan Ketua Jurusan Otniel Safkaur SE.,M.Si Visi dan Misi program studi mengalami perubahan menjadi Commited To The Best Value Of Accounting Education dengan misi sebagai berikut:

  1. Safe : Proses perkuliahan yang kondusif secara internal dan eksternal
  2. Value : Implementasi Tri Dharma Perguruan Tinggi yang bernilai
  3. Love : Peduli antar civitas akademika
  4. Teamwork: Bekerjasama untuk mencapai tujuan
  5. Success : Keberhasilan dalam proses akademik dan bermanfaat bagi masyarakat

Dan tujuan sebagai berikut:

  1. Menciptakan lingkungan belajar yang aman dan nyaman
  2. Meningkatkan jumlah dan kualitas bahan ajar
  3. Meningkatkan jumlah dan kualitas penelitian mahasiswa dan dosen
  4. Meningkatkan sense of belonging and responsibility civitas akademika
  5. Membangun link of need antar institusi dan stakeholder

Untuk periode ketiga ini penilaian Akreditasi Program Studi Akuntansi masih mendapatkan nilai akreditasi B dengan nomor SK: 1122/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2015. Oleh karena itu perlu upaya lain yang sekiranya dapat meningkatkan nilai Akreditasi menjadi A.

Dasar penyusunan visi, misi, tujuan dan sasaran Jurusan Akuntansi adalah evaluasi diri dan telaah mendalam terhadap kondisi dan kebutuhan interal dan eksternal Jurusan Akuntansi. Perubahan visi pada periode sebelumnya menjadi Committed to the Best Value of Accounting Education untuk menjawab tantangan dari lingkungan internal maupun eksternal. Tantangan Eksternal misalnya isu MEA (Masyarakat Ekonomi Asia) dan Akuntansi Berbasis Akrual pada bidang Akuntansi Publik, sedangkan tantangan internal terkait dengan proses pembelajaran, input mahasiswa, sistem informasi yang belum banyak berubah. Pada awal tahun 2018 kondisi eksternal memunculkan isu pendidikan Akuntansi berbasis digital 4.0 . Era inovasi disruptif ini kemudian mengharuskan Jurusan Akuntansi Universitas Cenderawasih merevisi kembali visi sebelumnya menjadi Commits to innovative and competitive Acoounting Education.

Penyusunan visi Jurusan Akuntansi ini juga didasarkan pada visi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Cenderawasih yang lebih dahulu ditetapkan melalui rapat pimpinan di tingkat Fakultas. Setelah visi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Cenderawasih ditetapkan maka hal ini kemudian menjadi acuan bagi masing-masing program studi dilingkungan Universitas Cenderawasih untuk menyusun visi.

Perubahan visi ini juga dilatarbelakangi oleh karena pergantian kepemimpinan pada tingkat Universitas dan Fakultas. Visi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Uncen tahun 2018-2021 adalah Fakultas Cerdas dan Berdaya Saing Tinggi Yang Berorientasi Pada Ekonomi dan Bisnis Yang Berkelanjutan Pada Tahun 2021 dan tingkat Universitas adalah di tahun 2024 Universitas Cenderawasih menjadi Universitas yang unggul, berkarakter budaya dan berwawasan lingkungan.